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FPGA器件的配置流程如图所示。配置开始后，在加电和配置命令下，内部复位电路被触发，开始清除编程数据存储器。在 为高电平时，电路自动测试模式引脚状态，以确定装载模式，然后启动数据读入操作。配置开始时，配置数据以一段起始码开头，其中包括配置数据的长度计数，接着便是设计文件的配置数据。当存储器初始化后所加的配置时钟总数等于配置数据的长度计数值时，数据装完，DONE被置为高电平，电路开始进入用户状态。

图 FPGA器件的配置流程